Trong thời kỳ Cách mạng Văn hóa, phong trào “Phá tứ cựu, lập Tứ tân” lan rộng khắp Trung Quốc. Bao Công bị xem là đáng trừng trị hơn tham quan vì đã ủng hộ, duy trì chế độ phong kiến, bị xếp vào loại “ngưu quỷ xà thần” phải quét sạch. Từ đường trở thành nhà nấu ăn của hợp tác xã, từ trong ra ngoài bị đập phá. Bia đá, hoành phi, liễn đối, tượng Vương Triều, Mã Hán đều nát vụn. Bức tượng Bao Công được làm từ gỗ đàn hương, lớn như người thật, bị các Hồng vệ binh dùng dao chém nát. Bộ gia phả “Bao thị tông phả” và bức họa truyền thần Bao Công lúc sinh tiền được truyền từ đời Tống, Nguyên, Minh, Thanh, Dân quốc đã bị treo lên cây đốt cháy thành tro. Sau năm 1949, đền thờ Bao Công do nhà nước quản lý, thuộc Công viên Bao Hà. Bức họa Bao Công từng được đưa vào Tử Cấm Thành triển lãm, nhờ đó còn giữ được tấm ảnh chụp lại.

Về sau, Bao Tiên Hải trao bức họa và gia phả cho con gái là Bao Huấn Chi cất giữ, cuối cùng bị Hồng vệ binh lục soát tìm thấy, đem ra đốt sạch.[6] Năm 1973, khu mộ ông được di dời để xưởng luyện thép Hợp Phì số 2 xây lò nung vôi.[7] Đến cuối tháng 8 năm 1973, việc khai quật khu mộ phần của Bao Công đã hoàn thành. Mười một bộ di cốt cùng 55 nhân dân tệ tiền phí an táng được trao cho đại diện hậu duệ Bao Công. Qua bàn bạc, các thành viên trong gia tộc quyết định thuê xe di quan từ Hợp Phì về gò Long Sơn, thôn Đại Bao, xã Văn Tập, huyện Phì Đông, tỉnh An Huy (nơi an táng tổ phụ, thân phụ Bao Công) nhưng không được chấp thuận nên họ phải chôn trộm. Ngày 6 tháng 10 năm 1985, tại Công viên Bao Hà, quần thể mộ phần Bao Công và từ đường Bao Công được phục chế lại hoành tráng. Ngày 4 tháng 4 năm 1986, tổ chức nghi thức “thiên an” tại Hợp Phì, 11 chiếc vò đựng di cốt được hạ xuống huyệt mộ đã làm sẵn mới phát hiện hoàn toàn rỗng không. Bao Tiên Chính - người đã an táng 11 vò di cốt đã qua đời mấy năm rồi, còn con cháu họ Bao đều lắc đầu nói không biết. Rất may còn 35 mảnh xương của Bao Công được gửi đi giám định tại Khoa Nghiên cứu Cổ nhân loại học và động vật có xương sống của Học viện Khoa học trung ương Trung Quốc ở Bắc Kinh, 20 trong số 35 mảnh xương được đưa vào quan tài bằng gỗ nam mộc đặt trong mộ huyệt của Bao Công, 15 mảnh xương còn lại được trưng bày trong Nhà Bảo tàng tỉnh An Huy.[8]

Hiện nay đền thờ của ông có hai câu liễn: "Lý Oan Ngục, Quan Tiết Bất Thông, Tự Thị Diệm La Khí Tượng. Chẩn Tai Lê, Từ Thiện Vô Lương, Y Nhiên Bồ Tát Tâm Trường". Đại ý nói về phẩm chất cao quý của ông.